内设：
办公室（党委办公室），承担本关日常办公综合事务和行政后勤保障工作，承担泉州海关党委办公室工作。
综合业务一处，承担本关日常业务统筹协调、综合管理事项、通关运行管理、税收征管、风险防控、督察审计、进出口统计职能管理等相关工作。
综合业务二处，组织落实关区法治海关建设，组织推动依法行政工作；承担法制工作，组织落实关区案件办理和全员打私工作；承担包括实验室管理的科技管理职责；具体承办法治宣传教育、行政复议、行政应诉、行政赔偿工作；具体承办关区普通程序行政案件（包括知识产权海关保护案件、涉检案件）的法制审核、移送等工作；具体承办稽查审核工作；具体承办关区信息化工作。
监管业务处，承担口岸监管、检验检疫（卫生检疫、动植物检疫、进出口食品安全和商品检验）、核查和属地查检等方面业务协调指导、执法规范等职责；统筹安全生产、国门安全等职责；协调落实口岸管理工作；具体承办口岸监管类和检验检疫类行政审批、企业特定资质注册备案等工作。
企业管理处，承担企业管理、稽查业务管理职责；组织实施特殊监管区域和保税监管场所的管理工作；具体承办企业注册备案（不含企业特定资质注册备案）、信用管理、AEO认证工作；具体承办加工贸易备案核销、保税监管类行政审批工作；承办上级交办的其他工作事项。
人事政工处（党委组织宣传部），承担本关基层党建、人事管理、教育培训、退休干部管理等相关工作，配合上级开展巡视巡察工作，承担泉州海关党委组织宣传部相关工作。
下设：
驻泉港办事处，承担泉州市泉港区、惠安县范围内海关各类执法、监督、管理等工作（不含企业资质管理、企业信用管理、行政审批、加工贸易备案核销、稽查、加工贸易核查和保税核查、减免税、快件邮件报关单审单征税以及除“简快案件”外案件调查和案件法制审核、移送业务）。
驻刺桐办事处，承担泉州市鲤城区、丰泽区、洛江区和泉州开发区、泉州台商投资区范围内海关各类执法、监督、管理等工作（不含企业资质管理、企业信用管理、行政审批、加工贸易备案核销、快件邮件报关单审单征税以及案件法制审核、移送业务）；承办泉州市行政区稽查、加工贸易核查和保税核查、减免税以及案件（除“简快案件”外）调查业务；承办上级交办的其他工作事项。
驻安溪办事处，承担泉州市安溪县、德化县、永春县范围内海关各类执法、监督、管理等工作（不含企业资质管理、企业信用管理、行政审批、加工贸易备案核销、稽查、加工贸易核查和保税核查、减免税、快件邮件报关单审单征税以及除“简快案件”外案件调查和案件法制审核、移送业务）；承办上级交办的其他工作事项。
驻晋江办事处，承担晋江市（包括泉州晋江国际机场、泉州邮政互换局兼交换站）、泉州综合保税区范围内各类执法、监督、管理等工作（不含企业资质管理、企业信用管理、行政审批、加工贸易备案核销、稽查、加工贸易核查和保税核查、减免税以及除“简快案件”外案件调查和案件法制审核、移送业务）；承办泉州市行政区快件邮件报关单审单征税相关业务。
驻石狮办事处，承担石狮市范围内海关各类执法、监督、管理等工作（不含企业资质管理、企业信用管理、行政审批、加工贸易备案核销、稽查、加工贸易核查和保税核查、减免税、快件邮件报关单审单征税以及除“简快案件”外案件调查和案件法制审核、移送业务）。
驻南安办事处，承担南安市范围内海关各类执法、监督、管理等工作（不含企业资质管理、企业信用管理、行政审批、加工贸易备案核销、稽查、加工贸易核查和保税核查、减免税、快件邮件报关单审单征税以及除“简快案件”外案件调查和案件法制审核、移送业务）；承办上级交办的其他工作事项。
工作地址和联系方式：
负责人：田帅
内设处室地址：泉州市晋江市池店镇池峰路912号
驻泉港办事处办公地址：泉州市泉港区驿峰中路6号 联系电话：0595-68562507
驻刺桐办事处办公地址：泉州市丰泽区温陵南路104号 联系电话：0595-68562161
驻安溪办事处办公地址：泉州市安溪县蓝溪西路548号 联系电话：0595-68292675
驻晋江办事处办公地址：泉州市晋江青阳街道高霞社区丹阳路59号 联系电话：0595-68293205
驻石狮办事处办公地址：泉州市八七路1389号 联系电话：0595-68562322
驻南安办事处办公地址：泉州市南安市石井镇通港路1号石井航运中心报关大厅 联系电话：0595-68110596
